Chcąc zmierzyć się z nową kolejową rzeczywistością, w styczniu 1992 roku w Dyrekcji Generalnej PKP powołano specjalny zespół, mający opracować zasady wydzielenia pasażerskiego ruchu podmiejskiego na obszarze największych aglomeracji. Obsługę tego typu przewozów miały przejąć odrębne przedsiębiorstwa. Wśród wytypowanych „na pierwszy ogień” jednostek kolejowych znalazła się Warszawska Kolej Dojazdowa. Jako wydzielona linia z własnym zapleczem mogła najszybciej spełnić wszystkie zakładane warunki: własny tabor, infrastruktura, brak ruchu innych rodzajów pociągów. Po ewentualnym wydzieleniu przedsiębiorstwa ze struktur centralnych, miałaby własną dyrekcję i określony budżet, zasilany dotacjami pochodzącymi z lokalnych samorządów. Początkowo WKD byłaby spółką z ograniczoną odpowiedzialnością ze 100-procentowym udziałem PKP, a w przyszłości może i spółką akcyjną. Władze samorządowe jednak wcale nie kwapiły się wówczas do wzięcia na siebie odpowiedzialności za transport kolejowy.

Tymczasem kolejne lata stawały się coraz trudniejsze dla WKD. Wiążących decyzji nie było, deficyt wzrastał, a w każdym kolejnym rozkładzie jazdy było coraz mniej pociągów. Widmo likwidacji kolejki oddalało się tylko dzięki zagrożeniom, jakie mogłaby ona za sobą pociągnąć: najważniejszym z nich był gwałtowny wzrost natężenia ruchu samochodów osobowych przy wjeździe do Warszawy z pasma zachodniego. Bardziej energiczne działania podjęte w 1993 roku przez władze gmin (stolicę oraz gminy leżące na trasie kolejki) i Urzędu Wojewody Warszawskiego wespół z Ministerstwem Transportu i Gospodarki Morskiej oraz Centralną Dyrekcją Okręgową Kolei Państwowych doprowadziły do zlecenia w czerwcu Zespołowi Rzeczoznawców Stowarzyszenia Inżynierów i Techników Komunikacji wykonania studium restrukturyzacji i „biznes planu” dla WKD. Opracowane studium miało uwzględniać również pozaprzewozowe aspekty funkcjonowania przedsiębiorstwa. Materiał pt. „Studium ekonomiczno-techniczne rozwoju Warszawskiej Kolei Dojazdowej. Biznes plan.” był gotowy już w październiku.

Analizując ówczesną sytuację WKD, za jeden z głównych powodów postępującego spadku przewozów oraz struktury podróżujących osób uznawano niekorzystną relację cen za bilety kolejowe do 1 litra paliwa. Głównymi klientami „Wukadki” pozostawały osoby utrzymujące się z pracy najemnej i tymczasowej oraz uczniowie i studenci. Drastycznie spadł natomiast odsetek osób stale dojeżdżających do pracy. Wśród tej grupy znacząca część dotychczasowych pasażerów przesiadła się do własnych samochodów, a z przejazdów koleją korzystała jedynie w okresach o uciążliwych warunkach atmosferycznych, np. w zimie. Struktura przewozów wyglądała następująco: 38% - dojazdy do pracy; 14% - dojazdy do szkół; 19% - przejazdy rekreacyjne; 29% - pozostałe.

Organizację przedsiębiorstwa z punktu widzenia zależności pomiędzy poszczególnymi komórkami uznano za mało efektywną. Dotychczasowa struktura, w której prowadzenie ruchu należało do zawiadowcy w Komorowie, obsługa handlowa do odpowiedniego pionu CDOKP, zarządzanie służbami przez zlokalizowane na zewnątrz oddziały: drogowy, automatyki i zasilania stacji rejonowej Warszawa Zachodnia – a więc brak wspólnego zarządu – nie motywowała w wystarczającym stopniu do dołożenia starań o ograniczenie kosztów. Wewnętrzną jednostką WKD pozostawała tylko lokomotywownia w Grodzisku Mazowieckim kierująca utrzymaniem i naprawami taboru. Wspomniana wcześniej rentowność na poziomie ok. 20% uzupełniona dotacjami wzrastała do 35%. Jeżeli doliczyć do tego faktycznie przysługującą kwotę dotacji to pokrycie kosztów wpływami osiągało poziom 60%. Autorzy biznes planu taką wartość uznali jako bazową w przypadku rozpoczęcia programu restrukturyzacji. Podstawą owego planu naprawczego musiały być: zmiana struktury organizacyjnej w kierunku stworzenia jednolitego organizmu zainteresowanego wyłącznie obniżką kosztów i zwiększaniem wpływów oraz rozszerzenie zakresu działalności gospodarczej o obszary pozaprzewozowe. W dalszej kolejności pociągnąć to powinno za sobą całkowitą zmianę wizerunku kolejki.

Kluczową kwestią po stronie ograniczenia kosztów była radykalna redukcja zatrudnienia – aż o 30%, docelowo do ok. 260 osób. Po stronie zwiększenia wpływów poza standardowymi krokami w postaci uatrakcyjnienia rozkładu jazdy czy wprowadzenia zorientowanych na pasażera nowych usług, zaproponowano utworzenie na bazie istniejących obiektów infrastrukturalnych Kompleksu Handlowego „PASMO WKD”. Przewidywał on podjęcie współpracy (sprzedaż, dzierżawa, leasing) z wszelkimi podmiotami prowadzącymi działalność gospodarczą bądź zgłaszającymi chęć jej rozpoczęcia.

W dziedzinie usług przewozowych założono znaczący wzrost ilościowy i jakościowy: wprowadzenie częstotliwości kursowania pociągów pomiędzy Komorowem i Warszawą co 7,5 min. Część kursów jak niegdyś kończyłaby bieg w Komorowie, konieczne było jedynie odbudowanie toru manewrowego. Proponowano ponadto likwidację odcinka linii w Milanówku, pomiędzy przystankami „Graniczna” i „Grudów” oraz skierowanie do obsługi Grodziska Mazowieckiego i Milanówka pojedynczych jednostek. Ceny biletów na trasie linii WKD miały być zróżnicowane według podziału na trzy strefy. Niektóre propozycje, jak np.: likwidacja części taboru, czy demontaż radiowej łączności w pociągach na szczęście ostatecznie nie weszły w życie.

Działania restrukturyzacyjne rozpoczęły się w dniu 1 lutego 1994 roku, kiedy to Warszawska Kolej Dojazdowa powróciła do tradycji EKD: wszystkie jednostki organizacyjne podlegające dotychczas poszczególnym służbom centralnej DOKP skupiono pod jednym zarządem w ramach powołanego Zakładu Eksploatacji Linii WKD w Grodzisku Mazowieckim (ZEL WKD). Organizacja Zakładu została powierzona naczelnikowi największej działającej na linii jednostki – dotychczasowej Lokomotywowni Pozaklasowej w Grodzisku Mazowieckim – Stanisławowi Kaczorowskiemu. Dzięki sprawnej pracy organizacyjnej pełna integracja poszczególnych służb: Automatyki, Trakcji, Drogowej, Energetyki i Przewozów została osiągnięta już w grudniu 1994 roku. Skupienie pod wspólnym kierownictwem wszystkich służb funkcjonujących na WKD połączone z optymalizacją zatrudnienia, zużycia materiałów i energii bardzo szybko dało niezwykle korzystne rezultaty w postaci zdecydowanej poprawy wskaźnika pokrycia kosztów przychodami – mimo przyjętego niekorzystnego systemu rozliczeń z innymi Zarządami Służb. Rentowność z przełomu lat 1991-1992 wynosząca ok. 20% wzrosła do 60% w 1999 roku. Systematycznie zaczęły wzrastać również przewozy pasażerów – w ciągu dziewięciu miesięcy 1996 roku z usług WKD skorzystało 5,3 mln osób – tyle samo, co w całym 1992 roku.

1 lipca 1998 roku ZEL WKD włączony został do Dyrekcji Sektora Przewozów Pasażerskich. Nie wpłynęło to jednak znacząco na wypracowane przez ostatnie cztery lata mechanizmy zarządzania. Zakład był przygotowany na wdrożenie jeszcze nowocześniejszych form kierowania, w związku z czym Polskie Koleje Państwowe podjęły kroki w kierunku przekształcenia go w spółkę. W przyszłej strukturze zaproponowano udział nie tylko samorządom wzdłuż linii kolejowej (w pierwszym rzędzie warszawskiemu), ale również tym, na terenach których mogłyby powstać nowe odcinki WKD. Wśród tych ostatnich znalazły się m.in.: Piaseczno i Konstancin-Jeziorna – miasta, nie mające w dotychczasowej historii niczego wspólnego z „Wukadką”. Rok później miała miejsce jeszcze jedna niewielka zmiana w zakresie usytuowania WKD w strukturach PKP – włączenie w skład warszawskiego Zakładu Aglomeracyjnych Przewozów Pasażerskich. Nie przeszkodziło to jednak w podjęciu kroków zmierzających do pełnego usamodzielnienia przedsiębiorstwa (o których mowa poniżej).

Ustawa z dnia 8 września 2000 roku o komercjalizacji, restrukturyzacji i prywatyzacji przedsiębiorstwa państwowego „Polskie Koleje Państwowe” była podstawą do podjęcia przez Zarząd PKP decyzji w dniu 16 listopada 2000 roku o przekształceniu Warszawskiej Kolei Dojazdowej w spółkę z ograniczoną działalnością, zależną od przyszłej spółki-matki PKP S.A. Zgodnie z pierwotnymi założeniami na własność PKP WKD Sp. z o.o. miały przejść w postaci aportu: tabor oraz niezbędne urządzenia do prowadzenia działalności jako operator kolejowy, natomiast infrastruktura (linia kolejowa i budynki) miałaby być dzierżawiona. Jako przedsiębiorca mający zarządzać linią kolejową o lokalnym znaczeniu, względnie linią wydzieloną mogła wyjątkowo łączyć tę funkcję razem z rolą operatora. Akt notarialny utworzenia Spółki PKP Warszawska Kolej Dojazdowa Sp. z o.o. został sporządzony w dniu 22 grudnia 2000 roku. Właścicielem Spółki zostały PKP S.A. posiadające 100% udziałów w kapitale zakładowym. Dnia 29 grudnia 2000 roku Spółka została wpisana do rejestru handlowego przez Sąd Rejonowy dla m.st. Warszawy, a działalność gospodarczą rozpoczęła 1 lipca 2001 roku. Zapoczątkowany został kolejny, bardzo ważny rozdział w historii linii WKD.